Chez Kiki, treize ans, on est sorcière de mère en fille. Mais pour avoir droit à ce titre, il faut subir une épreuve initiatique.

Deux petites filles, Mei et Satsuki, quittent la ville pour s'installer à la campagne avec leur père.

Sosuke, un petit garçon, rencontre Ponyo, une petite fille poisson rouge... C'est le début d'une histoire tendre, drôle et magique...