Suite des aventures de Madoka, tentée de devenir une Magical girl.

Madoka, une collégienne, fait une rencontre qui va bouleverser sa vie et la transporter dans un univers où règne la magie.

La vraie nature des Puella Magis étant devenue claire, Sayaka et Kyôko s'engagent sur leurs destins respectifs, tandis que Madoka ne peut que rester s